伝えによると清水寺は、大同元年（806）唐から帰朝した伝教大師最澄によって開かれた古刹。本尊の丈六の千手観音は伝教大師の作といわれ、清水寺には創建の伝説が残っている。「入唐していた伝教大師は、帰朝の途中、有明海の東の方の山中に美しく輝く光を見つけた。不思議に思った伝教大師が、この光を求めて清水の山に登ろうとすると、一羽のキジが大師の前に降り立って先導をはじめた。キジの案内で着いた所には、苔むしたネムの霊木が立っていた。大師は地に根ざしたままの、この霊木で丈六の千手観音を刻み、堂宇を建立して安置された。木の本で刻まれたので山号は本吉山と称し、創建ゆかりのキジは、珍しいお守り玩具として伝えられている。
　また境内の、鮮やかな朱に輝く三重塔は柳川藩立花氏とその領民の浄財によって建立された。文政五年（1822）に着工して、完成したのが、天保七年（1836）ｍ約十四年の歳月をかけて建築された。